К сожалению, на сегодняшний день функциональность нашего кластера полностью не восстановлена. Пока что для того, чтобы получить доступ к данным из бывшей /ptmp/ директории, нужно после входа на xray.isc.kharkov.com войти на другую машину (команда: ssh zeon) с тем lida же самым паролем. С этой машины есть прямой выход в интернет (ftp, sftp для передачи файлов и т.д.), и именно на ней можно ставить на счет задачи.
Сейчас настройка системы продолжается. Будет сделан непосредственный вход на эту biber hapı машину при логине на xray.isc.kharkov.com, и лишь тогда клиентские ssh, sftp будут работать fx15 естественным образом, давая доступ непосредственно к машине кластера, на которой ставятся задачи и откуда забираются файлы.
Пока что такой прямой доступ возможен при подключении к порту 2222 на xray.isc.kharkov.com. О настройке клиентских программ для такого прямого доступа - ниже.
putty: номер порта указан на первой же вкладке, Session. Изменить его на 2222.
psftp: номер порта указывается в командной строке, опция -P 2222.
sftp (*nix): опция -oPort=2222 командной строки.
ssh (*nix): опция -p 2222 командной строки.
WinSCP плагин к FAR Manager: номер порта указан на первой же вкладке, Session. Изменить его на 2222.
Обновлено ( 16.03.2012 15:10 )
Firefly (PC GAMESS) update
12.12.2009 16:30
Firefly (PC GAMESS) was updated to the version 7.1.G (26-11-2009). Please refer to the author's site for release notes.
Изменения в структуре очередей
09.10.2009 21:25
Максимальное количество задач в очереди S8 увеличено до 8. Таким образом, в очереди Р24 гарантированно будет считаться одна задача, а вторая - только при недозаполненности очередей S4 и S8.
В связи с малой востребованностью и эффективностью ликвидирована очередь S1. Теперь для вычислений на одном процессоре доступны только две машины в очереди S1LM.
Оптимальное использование очередей кластера
30.12.2008 12:05
Для всех программ на обычных задачах рекомендуется использование прямого вычисления интегралов. Непрямое вычисление и преобразование интегралов возможно только в очередях P8D и P16D.
GAUSSIAN'03 доступен в очередях S1, S1LM, S4 и S8. В многопроцессорном режиме счета (очереди S4 и S8) его можно рекомендовать для оптимизаций методом DFT (без использования PCM).
Программа PC GAMESS/Firefly доступна во всех очередях, и единственным ограничением на её использование оказывается неэффективный для параллельного счёта код PCM.
Программа NWChem доступна во всех очередях и удовлетворительно масштабируется для всех тестированных типов расчетов. Однако стоит иметь в виду ее меньшую производительность по сравнению с PC GAMESS/Firefly.
